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機器真的可以直接測量核酸的真實純度和濃度嗎?
我們這個行業(yè)內(nèi)的誤解是:機器可以測量核酸的純度和濃度,就不用跑電泳了。
有些廠家為了推銷分光光度計機器推廣了這個不太真實的概念。
讓我們一起來看看這個質(zhì)粒提取后-瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果分析實驗的對比
從結(jié)果分析:從抽提的質(zhì)粒濃度上來看,T公司試劑盒提取的質(zhì)粒濃度要普遍高于Aidlab的試劑盒。但在質(zhì)粒跑膠的亮度對比上,兩者抽提的質(zhì)粒跑膠亮度沒有較大差距。
所以T公司試劑盒提取的結(jié)果檢測的OD值實為虛高。
真實情況是分光光度計包括Nanodrop是無法通過測量OD比值來判斷核酸的全面純度的,od260:280比值判斷的只是蛋白殘留的純度,od260:230比值判斷的只是鹽離子的純度,而核酸里面還有其它各種雜質(zhì)可能殘留,這些雜質(zhì),機器是沒法測量出來的,但是雜質(zhì)也有吸光值OD,就會干擾機器的正確檢測核酸濃度。
機器測量的是樣品的總吸光值,然后換算成濃度,如果樣品是100%純的核酸,機器確實可以把所有的吸光值換算成濃度,這才是真實的濃度。但是如果樣品里面有雜質(zhì)呢?機器測量的總吸光值里面還含有雜質(zhì)的吸光值,但是機器無法區(qū)分,還是會把總吸光值換算成濃度,這個時候測量的濃度還包括了雜質(zhì)帶來的吸光值的濃度,最后導致機器測量的濃度比真實核酸濃度高,OD值實際是虛高了。
如果使用這樣有雜質(zhì)的質(zhì)粒有什么后果呢?
1、質(zhì)粒濃度低
2、含有雜質(zhì)導致無法準確定量,可能造成不準確的實驗結(jié)果。
3、含有雜質(zhì)可能抑制下游的酶切和PCR等酶反應,造成實驗不準。
DNA/RNA質(zhì)量評價的兩大方法
一、“跑電泳”是金標準!
跑電泳可以得到很多信息:是否降解,是否有DNA或者蛋白污染,是否有雜帶。
跑電泳可以通過DNA Marker估算濃度,更易把控后續(xù)實驗的準度!
二“測OD值”僅僅是輔助手段
只有在RNA不降解,無污染的情況下。
測量的OD值才是真實的!